Kostel sv. Jana Nepomuckého

Na místě dnešního kostela se nacházel Obecní dvůr, nazývaný též Schellenbergův. V roce 1733 dvůr zakoupil řád Milosrdných bratří. Ke dvoru přiléhala zahrada, ke které byl přikoupen pozemek pro budoucí klášterní hřbitov. Milosrdní bratři přišli do Prostějova na pozvání Marie Anny, kněžny z Lichtenštejna. Její zásluhou byl v Prostějově založen vůbec první klášter milosrdných bratří na Moravě. Učinila tak na poděkování za uzdravení svého těžce nemocného syna Jana Nepomuka z Lichtenštejna. Bratři nejprve vybudovali provizorní nemocnici a menší kapli. Po dalším rozšíření v roce 1739 a zprovoznění nemocnice se začalo hovořit o výstavbě klášterního kostela. Podnět k jeho stavbě dal převor P. Narcis Schön a realizaci finančně podpořili Lichtensteinové. Kněžna Alžběta darovala 10 000 zlatých. V letech 1751 až 1755 byl kostel sv. Jana Nepomuckého postaven dle návrhů Antonia E. Martinelliho. Slavnostně vysvěcen byl 5. října 1755 olomouckým světícím biskupem Janem Karlem Leopoldem ze Scherffenbergu. O tom svědčí latinský nápis nad hlavním vchodem. I po vysvěcení pokračovaly práce na výzdobě interiéru. V roce 1756 byly postaveny varhany, oratoř a boční oltář sv. Jana z Boha, zakladatele řádu milosrdných bratří. Teprve roku 1766 byla výzdoba dokončena italskými mistry jejichž jména se nedochovala. Klenby a stěny kostela vymaloval freskami František Antonín Sebastini, sochy jsou převážně dílem Josefa Schuberta a řezbářské práce Františka Hirnla.

V přilehlém klášteře bylo po založení zbudováno 18 lůžek pro nemocné, a tak tu tehdy vznikla první prostějovská nemocnice. Od počátku sloužila převážně místní chudině. Součástí byla i tehdy druhá městská lékárna.

Konvent s klášterním kostelem prošly mnoha těžkými obdobími. Nebyly to jen pruské války, 1. světová válka, ale také těžké zkoušky za 2. světové války a následné období komunistického režimu. 8. července 1941 přišlo do kláštera gestapo a oznámilo převorovi, že řád je zrušen a rozpuštěn. V listopadu 1943 byl konvent přeměněn na německý lazaret a v roce 1945 od 11. května do 13. června na ruský. Teprve po odchodu vojáků se Milosrdní vrátili. Nemocnice byla vyloupena a v nepředstavitelném stavu. Kostel zůstal vcelku ušetřen. Sotva dali bratři nemocnici do použitelného stavu, byla zakrátko po nástupu komunistického režimu v roce 1949 zestátněna. 16. května 1959 opustili členové řádu Prostějov definitivně. Kostel byl v červnu téhož roku uzavřen. Tím začalo dlouhé období jeho chátrání.

Do rukou řádu se vrátil až po roce 1989. Od té doby se konaly postupné opravy kláštera i kostela. Dnes nacházíme klášterní kostel v obnovené kráse, zato prostory bývalého kláštera marně čekají na nutné opravy.

V sobotu 19. prosince 2015 se řád Milosrdných bratří rozloučil s Prostějovem. Stalo se tak při mši svaté celebrované olomouckým biskupem Mons. Josefem Hrdličkou v zaplněném kostele sv. Jana Nepomuckého. Při této slavnosti byl kostel s areálem kláštera předán arcibiskupství olomouckému.